Введение. К настоящему времени накоплены данные, подтверждающие влияние условий школьного обучения на здоровье детей. Доказано, что чрезмерные учебные нагрузки приводят к значительному утомлению школьников. Особенно остро проблема стоит в учреждениях нового типа с углублённым содержанием обучения, когда стресс запускает у обучающихся иммунные, генетически детерминированные негативные сценарии нарушения здоровья. Цель исследования — провести сравнительный анализ генетического и иммунного статуса школьников начальных классов с различной величиной учебной нагрузки. Материалы и методы. Группу наблюдения составили дети (n = 93; возраст 7–11 лет), обучающиеся в учреждении с высокой учебной нагрузкой (гимназия). В группу сравнения вошли дети (n = 31; возраст 7–11 лет), обучающиеся в средней общеобразовательной школе с умеренной учебной нагрузкой. У детей изучены методом ПЦР полиморфизмы генов, кандидатных с точки зрения обеспечения толерантности к стрессу, – детоксикации, васкулярной регуляции и циркадного ритма: CYP1A1 (rs1048943), GSTP1 (rs1695), eNOS (rs1799983), MTHFR (rs1801133) и PER2 (rs643159). Показатели цитокинового профиля изучали методом иммуноферментного анализа, CD3+CD8+-лимфоциты – методом проточной цитометрии. Результаты. У школьников группы наблюдения выявлены значимый дефицит показателей клеточного иммунитета (продуктов экспрессии Th1-лимфоцитов — интерферона-гамма и Т-цитотоксических лимфоцитов CD3+CD8+), отвечающих за противовирусный иммунитет, а также гиперэкспрессия интерлейкина-4 относительно группы сравнения (p < 0,05). Установлена значимая избыточная частотность вариантных аллелей генов CYP1A1, GSTP1, eNOS, MTHFR и PER2 у школьников с высокой учебной нагрузкой относительно группы сравнения (р < 0,05). Ограничения исследования. Ограничение заключается в применении выявленных маркеров для диагностики иммунных и генетических нарушений, проявляющихся при напряжённости и интенсивности обучения школьников. Заключение. Повышенная встречаемость минорных аллелей, отвечающих за процессы детоксикации, регуляции тонуса сосудов и бульбарно контролируемой периодичности биоритмов, а также наличие дисбаланса клеточного и цитокинового профиля сопряжены с риском формирования нарушений адаптивных процессов у школьников начальных классов, образовательный процесс которых связан с повышенной учебной нагрузкой.