Полногеномный анализ бактерий salmonella с множественной лекарственной устойчивостью, обнаруженных в куриных тушках в Ханое

Согласно данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) Salmonella enterica принадлежит к классу наиболее опасных пищевых патогенов. Во Вьетнаме мясо домашней птицы является одним из самых распространённых мясных продуктов, а также подтверждённым источником загрязнения S. enterica. В данном исследовании изучались цельные тушки цыплят, закупленные на рынках пяти районов Ханоя (Вьетнам) в октябре 2019 г.

Целью исследования было микробиологическое определение заражения Salmonella и изучение восприимчивости обнаруженных штаммов к антибиотикам. Для этого использовались 15 типов антибиотиков, а затем применялось рандомное секвенирование 10 штаммов, включая как штаммы с множественной лекарственной устойчивостью, так и штаммы, не обладающие такой устойчивостью.

Анализировались гены устойчивости к антибиотикам, генотипы, типирование на основе мультилокусных последовательностей, факторы вирулентности и плазмиды.

Результаты тестов на определение восприимчивости к антибиотикам показали, что чаще всего наблюдалась фенотипическая устойчивость к ампициллину и цефазолину (92,3 %), тетрациклину (89,2 %), хлорамфениколу (86,2 %), цефуроксиму (84,6 %), цефотаксиму (83,1 %), цефтриаксону (83,1 %), налидиксовой кислоте (76,9 %), триметоприму (63,1 %), гентамицину (59,3 %), цефтазидиму (47,7 %) ципрофлоксациму (3,2 %). Однако все изоляты были восприимчивы к цефокситину, меропенему и имипенему. В 10 рандомно секвенированных штаммах были обнаружены 47 генов. Установлено, что определенный набор генов в штаммах был связан с устойчивостью к аминогликозидам (aac(3), aac(6), ant(3), aph(3), aph(6), aadA), во всех штаммах присутствовал ген blaCTX-M-55 or blaCTX-M-65, связанный с устойчивостью к антибиотикам третьего поколения. Также в секвенированных изолятах часто обнаруживались гены sul1, sul2, sul3, tet (A), qnrS1, floR, dfrA14 или dfrA27. Некоторые гены устойчивости к антибиотикам, как ожидается, могут быть расположены в плазмидах Col, IncA и некоторых мобильных генетических элементах. Помимо этого, секвенированные геномы также указывали на то, что все штаммы являлись носителями SPI 1, SPI 2, SPI 3, которые были связаны с большим количеством потенциальных триггеров. Также в некоторых штаммах были обнаружены CS54 и C63PI, SPI 9, SPI 13, SPI 14, а также некоторые плазмиды, например InCA/C2, ColRNAI, Col156, IncHI2, IncHI2A, IncFIB, Col (MGD2), IncL/M и IncX1_1.